Einmal jährlich werden ökologische Verarbeitungs- und Erzeugerbetriebe von anerkannten Kontrollstellen überprüft. Ebenfalls führt man auch Inspektionen durch, die nicht vorher angekündigt werden: Man bezieht sich in den Kontrollen auf die Betriebsunterlagen, auf Pflanzenerzeugnisse und Pflanzen aus der landwirtschaftlichen Produktion ebenso wie auch auf tierische Erzeugnisse oder die Tierhaltung. Ebenso wird kontrolliert, welche Lieferanten die entsprechenden Betriebe in Anspruch nehmen und welche Rohwaren in welchem Zustand die Basis bilden.
Die Kontrollkosten sind von dem Betrieb selbst zu übernehmen, jedoch liegen diese, verhältnismäßig über das Jahr gerechnet, rundweg niedrig – auch erhalten die Biobauernhöfe hier eine Förderung der Bundesländer. Man verpflichtet die Ökobetriebe, alle betrieblichen Maßnahmen zu protokollieren – die Kontrollpersonen werden alle Flächen und Räume durchsehen sowie diese Protokolle mit den Gegebenheiten abgleichen, um sich ein Gesamtbild zu verschaffen. In diesen Protokollen werden z. B. auch Neukauf und das Versterben von Tieren festgehalten, insbesondere ist hier die Todesursache jeweils zu erfassen. Denn Tiere auf Biobauernhöfen leben länger.
Es wird insbesondere in Bezug auf die Tierhaltung überprüft, dass tatsächlich nur natürliche Futtermittel verabreicht werden. Stoffe, mit welchen die Leistung oder das Wachstum der Tiere auf chemischer Basis verstärkt bzw. beschleunigt werden soll, sind hier völlig verboten. Jedes Tier auf soll nur im Freilauf, nicht angebunden, gehalten werden und dies ist mit einer Mindestfreilauffläche pro Tier verbunden.
Fest steht: Endprodukte, die der Verbraucher mit dem sechseckigen Biosiegel (bio-siegel.de) im Bioladen überreicht bekommt, sind das Ergebnis ständiger Prüfung. Chemische Zusatzstoffe sind nicht vorhanden – überdies kann sich der Endkonsument stets auf die Sicherheit der ökologischen und auch sozialen Verantwortung verlassen.